约150年前，第一场宝可梦联盟大赛举行。
约100年前，七宝市的仓库建成；电石洞穴开始出现齿轮儿。
西元1925年，现代精灵球在彩虹大学被西野森博士发明出来。
约50年前，在沙漠深处第一次发现小灰怪。
约40年前，在陨石坑附近第一次发现月石。
西元1969年，第一名人类登月。
在合众地区的事件发生前20年，等离子队的首领魁奇思收养了一名婴儿与一对姐妹，并将这名婴儿与人类隔离抚养。
在神奥地区的事件发生前的某一时刻，冥王发现了寄宿在电器内的洛托姆。
游戏开始的年代
红绿蓝皮卡丘开始前数年，在边境的小岛/盖亚那*发现了梦幻，通过提取它的基因而克隆了超梦，超梦暴走毁坏了宝可梦屋，为了保护梦幻, 富士老人将梦幻送回了边境的小岛。
红绿蓝皮卡丘开始前数年，在火箭队的秘密资助下多边兽被创造了出来。同时间谜拟Q也被发现披著当时很受欢迎的皮卡丘商品布样。
数年后, 关都地区名为赤红的训练家从真新镇启程, 帮助大木博士完成图鉴并挑战石英联盟，与之竞争的还有大木博士的孙子青绿，赤红在旅行中挫败了火箭队的犯罪阴谋，促使关都地区的火箭队解散。
赤红击败了刚刚成为冠军的青绿，成为了石英联盟的冠军。
成为冠军后，赤红到七之岛旅行，帮助锦辉完成宝可梦寄放系统，见到了来此收集图鉴的青绿，并击溃了在七之岛活动的火箭队余部，他们准备前往城都地区继续活动FRLG。随后为了变得更强，赤红放弃了冠军的职位，前往白银山修炼，渡成为了冠军。
在赤红冒险的时候，一颗陨石落入了七之岛附近的诞生之岛，宇宙病毒代欧奇希斯出现。
关都地区的事件结束一段时间后，红莲岛的火山突然喷发，毁坏了岛内的一切，夏伯将道馆迁至双子岛。
关都地区的事件结束一段时间后，青绿成为空置的常磐道馆道馆馆主，石英联盟四天王进行了人员调整，阿桔晋升为四天王，阿杏接任父亲成为浅红道馆道馆馆主。
巴奥巴关闭了关都地区的狩猎地带，在城都地区开设新的作为替代。
奇迹自行车店在城都满金市开设分店，关都分店不再进行销售业务。
在关都地区的事件期间，来自城都地区的千里一家为了道馆馆主工作搬至丰缘地区，其儿子祐树/女儿小遥也作为新人训练家，与当地博士的儿子祐树/女儿小遥开始启程，他们被卷入海洋队与熔岩队的争斗之中。熔岩队与海洋队夺走朱红色宝珠和靛蓝色宝珠，唤醒了固拉多和盖欧卡，整个丰缘地区陷入了大危机之中，在大吾和米可利的帮助下，祐树/小遥唤醒了沉睡于天空之柱的烈空坐，平息了固拉多和盖欧卡的争斗，海洋队与熔岩队忏悔自己的做法，归还了宝珠，丰缘地区恢复了安宁。
在超级进化宇宙中，祐树/小遥遇到了熔岩队召唤固拉多ΩR/海洋队召唤盖欧卡αS的阴谋，固拉多ΩR/盖欧卡αS甚至进行了原始回归造成了更大的灾难，祐树/小遥阻止了固拉多ΩR/盖欧卡αS，拯救了丰缘地区。事件过后不久，巨大的陨石正飞向地球，得文公司和绿岭宇宙中心计划使用空间转移装置转移陨石却被流星之民的后裔希嘉娜制止，而后希嘉娜与新一代的传承者祐树/小遥一起召唤了超级进化的烈空坐破坏了陨石，并与从其中现身的代欧奇希斯激战，再次拯救了丰缘地区。
大吾为了拥有更多的时间寻找石头而将冠军的职务委托给米可利，米可利的师傅亚当代替米可利出任道馆馆主。
又过了不久，破浪号终于下水，对战开拓区计划中的对战塔首先落成，紧接着对战开拓区也开发完毕，由亚希达经营。
莉拉意外掉入究极之洞穿越到超级进化宇宙的阿罗拉地区且失去大部分记忆，被帅哥和默丹发现，之后加入国际警察。
丰缘事件结束1年后，皇家合众号下水。
关都地区的事件三年后，城都地区一个名为小响/琴音HGSS/克丽丝C的训练家受博士委托从若叶镇启程，在旅行的过程中挫败了火箭队占领城都地区的阴谋，同时唤回了凤王HG/洛奇亚SS对人类的信任，并与水君建立了羁绊，还通过时拉比穿越时空阻止了坂木回归火箭队。
在神奥地区的事件发生前夕，菲蕾地区的保育家们获得了一颗神秘的蛋，由于菲蕾地区没有能力保护这颗蛋，于是他被传输到了最近的神奥地区。
与城都地区的事件几乎同时，神奥地区名为小辉和小光的训练家以及阿驯接受山梨博士的委托从双叶镇启程，期间银河队企图用帝牙卢卡和帕路奇亚建立新世界，其计划被突然出现的骑拉帝纳打断，却导致了现实世界与毁坏的世界Pt相互碰撞毁灭的危险，神奥冠军竹兰与主角一起进入毁坏的世界Pt化解了危机，银河队的首领赤日消失在毁坏的世界之中Pt。不久在国际刑警帅哥的帮助下Pt，主角又挫败了银河队干部冥王的阴谋并逮捕了他。
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