志村团藏与猿飞日斩、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春同为为木叶隐忍者学校的同期学员，由第二代火影千手扉间直接领导。晋升上忍后他们六人加入第二代火影扉间的精锐护卫部队，成为队友。
平时执行任务时志村团藏与猿飞日斩一组一起行动。他跟日斩有着很深的羁绊，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。
在执行任务中宇智波镜曾多次使用写轮眼帮助团藏摆脱困境。
忍界大战
在第一次忍界大战中，云隐村孤注一掷，投入千余忍者向木叶发动侵袭。第二代火影扉间带领着村中的精英忍者一起阻止云忍的入侵，守护着忍村，为木叶带来了胜利。使云隐以战败为结果收场。
事后，云隐村内部产生了分裂，第二代雷影想停战与木叶和谈，但这对任性的兄弟却不甘心以惨败收场，他们希望继续维持战乱状态，因此，在雷影与火影的结盟仪式上，金角银角掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量凶残的杀死了自己的老大二代目雷影，同时也让第二代火影受到了濒临死亡的重伤。
第一次忍界大战
紧接着，扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将「火影之位」托付给了日斩。
之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、拥有九尾查克拉的金角银角。
经过一场大战后，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退而与金角银角同归于尽。从此，金银兄弟二人因弑杀雷影与火影的罪名而成为了忍界史上最凶恶的重罪犯。
暗中活跃
在日斩继位火影后，日斩任命团藏为火影辅佐，给了他极大的信任和权力，团藏则以“暗部培训部”的名义，培育了自己的势力——“根”，根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。三代默许了这些。团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁，日斩曾让自己最喜欢的徒弟大蛇丸担任团藏的亲随，足见他对团藏的器重。
他常把“忍者要自我牺牲”挂在嘴边，但真正轮到他的时候，自己却做不到。日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。
木叶村一直有一个隐患，那就是封印在村内的九尾，初代火影死后，木遁这种封印尾兽的手段失传了，于是日斩和团藏举全村之力展开对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁，但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有相关记录都作为黑历史被封存，但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休，他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行试验，六十多名婴儿几乎全部死去，但在残忍的代价下，真的有一例成功了，团藏培养出了除柱间外另一个能够使用木遁的忍者大和，因出于私心他并没有把大和的存在告诉日斩，但后来日斩发现这名木遁忍者的时候，并没有治团藏的罪，只是率领暗部将团藏的老巢里三层外三层的围起来，将那名木遁忍者要到了自己麾下，日斩对团藏非常宽容，只要他的罪行不闹的沸沸扬扬全村皆知。他都是睁一只眼闭一只眼的。
曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲[10-11]；曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法[7]，在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。
灭族行动
此时，宇智波一族发动政变也被木叶高层注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。因为他无法信任宇智波一族，所以夺取了本想阻止宇智波一族谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。
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