始皇帝二十五年（前222年），王翦平定了楚的江南地，降服了越国之君，设置会稽郡，楚国灭亡。[49]?秦始皇在灭楚的同时，不断地向东扩展，陆续设郡，并攻取齐地，设置薛郡（山东曲阜）。同年，秦始皇派王贲攻燕的辽东，虏燕王喜，灭亡燕国。接着又回师攻代，虏代王嘉，建立代郡（河北蔚县西南）和辽东郡（辽宁省辽阳市老城区）。[50]
始皇帝二十六年（前221年），秦将王贲从燕国南下攻齐，俘虏齐王建，灭了齐国，在齐旧地建立了齐郡（山东淄博市东北）和琅邪郡（山东胶南县西南夏河城）。[51]
秦国从始皇帝十六年（前230年）起，到灭齐时止，耗时10年陆续兼并了六国，继而于始皇帝二十八年（前219年）开始平定南方百越。从此，秦始皇完成统一大业，进入了君主的帝国时代。
始皇帝二十六年（前221年），秦始皇灭六国后，以王号不足以显其业，乃称皇帝。并继续执行孝公变法以来商鞅的法家政策，加强君主专制，削弱旧贵族势力，提拔由军功而上升起来的贵族。秦帝国的土地所有制基本上仍维持西周的“王有”土地制，而变“王有”为“国有”。秦始皇于始皇帝三十一年（前216年）命令全国农民自报占有田地的实际数额，以便征收赋税。又实行即使是平民，只要有军功也可授予土地及爵位。虽然秦国在商鞅变法时施行了“授田制”，农民的土地名义上是国家所有、私人耕种，但此举让全国百姓实际占有了原来“王有”的土地，不久之后便演变成了农民和官员们都可以自由地买卖田地，所以秦国的商鞅变法最终便利了私有土地的发展。[52]
秦始皇废除分封制以后，建立了一套自中央到地方的郡县制和官僚制。初分全国为36郡，[53]?以后随着土地的扩大增至46郡，定咸阳（陕西咸阳市秦都区）为首都。中央政府最高的官僚是丞相、御史大夫和太尉，亦称“三公”。地方郡的长官为守，县的长官为令。郡县制初步打破了血缘关系的宗法制，封建制、官僚制则代替了贵族的世袭制。
为了巩固政权，秦始皇还实行了一系列的政策，主要是：统一货币和度量衡；统一文字；修筑长城、驰道和直道；强迫迁徙六国富民和平民。秦统一六国以后，为了防止六国贵族依持宗族“死灰复燃”，强迫他们迁徒到咸阳，要他们看护皇陵，或者迁徙于西南边远地区，一些平民也同时被迫迁徙，叫做“迁虏”，做开矿、开盐井等苦役。始皇帝三十二年（前215年），秦将蒙恬夺九原河南，设置34县，建立九原郡（治所在内蒙古包头市西北）。
统一六国后，商鞅变法时极力反对的各方面的学派、人才都纷纷来到秦国服务，可能秦始皇采用了“秦国特色的商鞅变法”，造成秦帝国各种迷信盛行。其中黄老道家、阴阳家，他们综合儒、法、道诸家的学说，提出所谓“五德终始说”，尤其得到始皇的信任，始皇于是认为秦是水德，周是火德，水能克火，因此秦得天下。[54]
从齐燕来的儒生方士们把儒家的“封禅”也作了改头换面的修改了一遍，盛传自古帝王莫不举行封禅典礼。始皇帝二十七年（前219年）至始皇帝三十二年（前215年），秦始皇连续到东方沿海，江淮流域以及北边等地巡游，所到之处，无不刻石颂其功德。
卢生劝说秦始皇道：“我们寻找灵芝、奇药和仙人一直找不到，一定是有什么东西与它们相克。我们建议您要不时秘密出行，来驱逐恶鬼。恶鬼避开了，神仙真人才会来到。您居住的地方如果让臣子们知道，就会妨害与神仙交往，希望您所住的宫室不要让别人知道。这样，不死之药或许能够得到。”秦始皇就对外宣称说：“我慕神仙真人，我自己就叫‘真人’，不再称‘朕’了。”[55]?他还下令咸阳附近二百里内的二百七十座宫观都用天桥、甬道相互连接起来，把帷帐、钟鼓和美人都安置在里边，全部按照所登记的位置不得移动。皇帝所到的地方，如果有人说出去，就判死罪。[56]
徐福等人入海寻找仙药，花费了很多时间和钱财也没找到。他害怕遭受责罚，就欺骗秦始皇说：称海中有三神山。但我们时常被大鲨鱼困扰，所以无法到达。希望皇上派善射之人一起前往，遇到大鲨鱼就用连发的弓弩射它。”恰巧秦始皇做梦与海神交战，海神的形状与人形相似。占梦的博士说：“水神本来是看不到的，他用大鱼蛟龙做侦探。现在皇上的祭祀周到而恭敬，却出现这种恶神，只有把它除掉才能找到真正的善神。”于是秦始皇命令入海的人携带捕大鱼的工具，亲自带着弓弩去射杀了一条大鱼。[57]?[58]?秦始皇派他带领三千童男童女，乘楼船入海求仙山，后不知所终，或许是遇海难，或许是漂到某海岛定居，后者可能性更大，民间传说是到日本去了。[59]
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