新世界的「未来世界」斯库尔德终端，是一个由众多高楼林立的未来都市。由改造型、机械型数码兽支配，上空浮游着空中秘蜜基地「皇家基地」，地面上秘密战斗部队「皇家突击队」暗中活动着。
而在这「皇家基地」中，有着位于网络安全最高位，或被称为网络守护神的十三尊圣骑士型数码兽，以绝对强度为傲。在预言书中登场，据说在数码世界发生重大灾难之时被预言引导而集结。
不过，它们没有绝对的「善」，它们为了维持数码世界的持续如果判断需要的话，通常会行使大量破坏和杀戮等无情手段。而且它们每个人的思想都微妙地有所差异，有的是表示对世界树的绝对忠诚，有的是自己对主人以及决断者表示感谢，有的是为了无可比拟压倒性的力量，有的是为了自己的信念……
而在这皇家基地的深处会议室中，有十二个光幕浮现在那里。奇怪的是围绕一圈的光幕中，其中少了一缺，像是还未被补上似地。而其中有部分光幕还是处于空白状态。而有五个光幕则映出了几只数码兽地影像。
“世界树突然地召集我们前来开会，是为了旧世界那些数码兽吧。”一个光幕中，一个身着奇迹金色战甲地圣骑士对着其它影像地光幕开口说道，它是由「奇迹的数码精神」力量进化而来的装甲体圣骑士型数码兽「玛格纳兽」。
“旧世界地那些拥有「X抗体」的数码兽，此时已经闯入了新世界。并且还带来了「X程序」，如果不将这些异端解决。那后果可就麻烦了。”一个声音中带着阴柔的的声音，开口说道。声音的主人有着粉色纤细的身躯，平时以高贵和优雅自称的圣骑士「骑士领主兽」。
“世界树已经决定施行「方舟计划」，由我们来执行！”开口的声音充满了严肃，一丝不苟。它一开口，其余的圣骑士都将目光放到它身上，可见它在皇家骑士中的地位非凡，它正是皇家骑士的标志性人物「奥米加兽」。
一个穿着银色盔甲，披着红色披风地数码兽一听，皱了皱眉头，它似乎相当不认同世界树的这个命令，开口提出自己的想法：“由我们来完成这个计划，真的好吗？！”
皇家骑士虽为一个团体，但内部的意见有时很难统一，每个人心中都有着自己坚持的正义。
“公爵兽！我们身为世界树大人的骑士，必须听从命令。完美的完成世界树大人所布下的命令，不可以对世界树地命令带有任何的质疑，知道吗？！”一只头部类似头骨盖的蓝色身影用平稳的声音做出了回应。
“你还是老样子啊，颅骨兽。这样一板一眼的不累吗？！”玛格纳兽忍不住向颅骨兽打趣一般的问道。
“奉献上自己所有的忠诚，是一名骑士的基本礼仪。而且身为世界树大人引以为豪的皇家骑士，我们的一举一行都代表了世界树大人。务必要将一切做到完美，不可以让世界树大人失望。”颅骨兽平静地回应，它是世界树的死忠派，忠实侍奉主人而存在的数码兽，性格仁义忠厚。
玛格纳兽似乎相当认同颅骨兽的话，点了点头，便也不在说些什么。
这时候奥米加兽开口厉声说道：“那些携带着「X抗体」的数码兽们，已经有一些开始抱团生存了。得尽早出动将它们一网打尽，不然后患无穷。”
骑士领主兽主动接下这个任务，它开口说道：“还未到我们出手的时刻，可以先将这个任务交给由我率领的的那些可爱的「骑士兽」去办。它们已经好久没出动了，手中的剑都快生锈了。”对于骑士领主兽的建议，其余的圣骑士也做出了表态。
玛格纳兽：“骑士兽啊，它们的实力不错。又是完全体，数量也不少。而且也是忠心耿耿。它们应该可以完成这个任务。”
骑士兽效忠于骑士领主兽，是会根据主人的属性而贯彻其信念的数码兽。会为了骑士领主兽一个命令而做到不达目的誓不罢休的地步。对于这样的骑士兽，奥米加兽也十分认同：“交给它们么？！也好。既然大家都没有异议，就先让它们去办。实在不行，就由我们亲自出手来消灭这些异端！”
说到最后奥米加兽斩钉截铁，语气中充满了它的决心。
到了最后时刻，它真的会为了世界树的命令，举起手中的屠刀！
“骑士领主兽，这件事就先交给你了，务必不要出任何纰漏。”
“就交给我吧。”
“好了，既然如此，这次会议就到这里结束了，大家都散了吧。”做出了决定之后，皇家骑士退出了属于自己的光幕，一个接着一个光幕暗了下去。而在其它圣骑士都退出的时候，属于公爵兽和奥米加兽的光幕依然还是保持着亮度。
奥米加兽看了看一直都沉默无言的自己的密友，开口说道：“公爵兽，你还有什么意见吗？”
公爵兽没有说话，只是过了许久才摇了摇头。
奥米加兽看了他两眼，然后叹了口气说道：“公爵兽，别多想了。世界树的命令是绝对的！我们身为它的骑士，绝对不可以违抗它。这个道理我想我不用对你多说吧？！”说完，奥米加兽也退出了光幕，留下了一直陷入沉思的公爵兽。
公爵兽低着头，口中喃喃说道：“为什么？为什么同样都是数码兽，同样都是生命，我们就可以高高在上的在这里轻易的宣判它们的死刑？！就因为这是世界树的命令？！”
“这还是我所追求的正义的皇家骑士吗？！”
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