这时候，有一个震惊的消息传来，郑芝龙投降了清军，但被清兵要求去燕京觐见顺治皇帝，郑芝龙被迫前往，最后被扣押，他的儿子郑成功，郑森，乘势起义，夺取兵权，继续经营郑氏地盘，金门，舟山，厦门，泉州，同清军开战，但败多胜少，听说郑成功已经想要将他的主要精力，转到海上，谋划着进攻宝岛的荷兰人，准备以此为基地，继续抵抗清军。
郑氏同荷兰人的关系急转直下，一些郑氏将领背叛郑成功，转而投降清军，但大部分各自树立山头，有些人依附壕门镜的葡萄牙人，有一些直接投奔了荷兰人。
大明的形势变得扑朔迷离。
李成栋则继续谋划着进攻汀州的隆武皇帝的南明朝廷。
这时候，传来，桂林的桂王朱由榔，在一干大明的臣子的拥戴下，在广东肇庆登基，又一个南明朝廷建立。
年号永历。
一些南明臣子纷纷倒戈，一时间，永历朝廷控制了南明大部分地盘，广西，广东，江西，四川，云南，贵州等的大部分地方，而隆武朝廷则只有赣州，漳州，汀州，吉安府，彬洲府，名以上的泉州府，等狭小的地盘了。
有如此的大明，葡萄牙人也不落后，直接出兵占领了香山，九崖，九星等地，驱逐了南明县令和官员，号称这是葡萄牙总督区。
而荷兰人则宣称宝岛为他们的领地，驱逐郑成功等大明将领，大明官员。
大明南方成了各个领主割据的局势。
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