药师兜，前期作为大蛇丸的部下在木叶活跃，擅长使用医疗忍术。幼年时因受伤而失忆，被孤儿院院长药师野乃宇收留，但后来因为团藏要挟野乃宇，于是自愿为野乃宇以及孤儿院去投靠团藏作为一个忍者活跃于木叶。
从小被当做间谍而游历各国，但团藏却安排兜与野乃宇自相残杀，自从误杀野乃宇后，兜就认为自己失去了生存意义。
与此同时，大蛇丸找到了兜，邀请兜加入音隐村，自此之后便当了大蛇丸的手下。大蛇丸被十拳剑封印后，兜为了寻找真实的自己而去模仿大蛇丸的生存道路，获得了大蛇丸及其部下音忍五人众的能力，而且自己在龙地洞修炼了仙人模式，并扬言利用他人来伪装自己，探索世界的真理。在与佐助和鼬的战斗中陷入幻术伊邪那美。最后重拾自我，并前往战场治疗佐助。战后被允许在木叶开设孤儿院，回到自己最向往的生活。
第三次忍界大战时期，兜在不知父母及名字的状况下被孤儿院院长药师野乃宇收留，幼年时期就天资聪颖，但由于视力不佳，因此院长将自己的眼镜送给兜，同时学会了医疗忍术，但在一次帮助木叶忍者疗伤时初次遇见了还是木叶忍者的大蛇丸，因此被大蛇丸发现他的天赋。后来志村团藏连同大蛇丸和一名油女一族成员突然出现在孤儿院，威胁曾在谍报部有“行走的巫女”之称、旧名药师野乃宇的院长前去长期侦察岩忍者村是否有拟定大规模作战计划，团藏在察觉到在窗外偷听的兜后，声称需要孩童成为木叶忍者来替补获得这次情报牺牲的团藏部下，并以补助金作为交换条件，成功将兜纳入自己麾下。
从此，兜被培训成忍者间谍，在云、雾、砂、岩等其余国家的忍者村搜集情报，擅长伪装自己的行踪及气息。
五年后在岩忍者村待命的兜因为失误遭遇袭击，与他交战重伤的敌方忍者竟然就是院长，试着呼叫她，但濒临死亡的院长不认得他，随后兜被其他支援的敌方忍者逼退，迷惘的兜独自一人到了河边思考着自己为何会被最重要的人给遗忘，这时遇见大蛇丸，被带至他的基地作为第一位访客，随后从大蛇丸口中得知团藏在他一离开孤儿院就向院长说出其实兜是为了他们的补助金而自我牺牲、加入了“根”，在院长的请求下团藏宣称只要杀死某个人就会解放兜，而那个要杀死的人实际上就是“真正的兜”，原来一开始团藏为了避免两人相遇把他们分配到不同地方执行任务，院长只能借由照片了解兜的成长过程和安全与否，而照片在中途被换成别人的照片，导致不知情的院长去杀害被她当成双重间谍又试图解救的兜本人，而大蛇丸原本是奉命要同时解决掉兜和院长，但是因为看上兜的才能而不想执行，在得知真相的兜决定接受大蛇丸邀请加入不隶属任何国家的音忍者村，并利用大蛇丸为他捏造的身份重返木叶。
大蛇丸加入晓以后，让兜假装跟随蝎。蝎以为兜被自己施了术以后，成了自己派去打入大蛇丸身边的间谍，但蝎没有想到的是，大蛇丸破解了他在兜身上施展的术，并反过来利用这一点刺探晓的情报。
初次在中忍选拔试会场内登场。当时他以木叶忍者村下忍的身份，前来参加考试，而且似乎是连续七次、共花了四年也没考上中忍（至少两次中途放弃），其实是为了收集情报。他的队友是赤铜铠及剑美澄（实际上三人均是音忍者村的卧底）。一出场他便遇上了鸣人等九位新人，并以热情的态度，利用忍者卡为他们详细解释前来参加考试的考生类型、能力、原属隐村及人数等。但当他谈及音隐村时，似乎说了些轻视音隐村的话，随即遭到音忍托斯的攻击。他自以为已避开托斯的攻击，但孰料托斯使用的是音波攻击，使他耳水不平衡、呕吐及眼镜碎裂（事后对大蛇丸透露自己先前不知道会有这些代表音隐村的忍者参赛，因此才会刻意隐藏实力试探他们）。后来第一场考试的考官森乃伊比基的出现，中止了音忍、药师兜及鸣人他们之间的胡闹。
到了第二场中忍考试──“死亡森林”临近结束时，他遇上了有“地之卷轴”、但没有“天之卷轴”（通过考试所需之两卷轴）的鸣人他们。佐助得知兜已取得了“天之卷轴”及“地之卷轴”，就提出跟兜交战的要求。
但兜认为他们如若想取得“天之卷轴”，就更应该到终点塔之附近埋伏，因为那里有比较多的考生正赶赴终点。不过，兜亦指出那里也有其他跟他们相同想法、并在那里埋伏的考生，所以为了自身安全要和他们一同前往终点之塔。
就在差不多到了塔附近之时，遇上了来自雨隐村的下忍篝、梦多及胧。
因这三名雨忍不擅长近身攻击，所以他们使用了自己擅长的幻术及分身术，并把自己的真身隐藏起来。他们的目的就是想利用分身消耗鸣人、兜他们的体力，等鸣人他们的查克拉用尽后，便现身解决他们。兜在与分身的战斗中，为了保护鸣人他们而被偷袭受伤。后雨忍三人的真身被发现，并被漩涡鸣人击败，成功取得“天之卷轴”。兜及鸣人四人顺利到下一场考试的试场。
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